Git 支持 HTTP(S) 和 SSH 两种加密连接形式。对 HTTP(S) 的代理只需要修改环境变量，代理设置将会对所有网站生效。而 SSH 代理则需要修改文件，只有访问指定域名时代理才会生效。

在 ~/.ssh/config 加入以下内容：

HTTP 代理

Host github.com
ProxyCommand /bin/connect.exe -H 127.0.0.1:1080 %h %p

Sock 代理

Host github.com
ProxyCommand /bin/connect.exe -S 127.0.0.1:1080 %h %p    

上面两条将会对 Github 启用 127.0.0.1:1080 的代理。如果想对其他仓库使用代理只需替换 github.com 为对应的域名即可。
次方法对 Windows 同样适用。按照上面的格式将代理写入 %HOMEPATH%\.ssh\config 就可以了。